Členské státy v rámci Rady EU pro životní prostředí přijaly dne 17/06/2024 dohodu z trialogu k Cílům obnovy přírody. Instituce v rámci trialogu dosáhly dohody už v listopadu 2023. Evropské instituce se dohodly na obnově článku 9 (nově přečíslováno na článek 11) a zachování jeho struktury – článek se týká závazků pro zemědělský sektor a zemědělské ekosystémy (článek byl z velké části vypuštěn v hlasování pléna o stanovisku Evropského parlamentu v červenci 2023). Pro provádění článku 9 (článku 11) se ale instituce dohodly o zřízení takzvané nouzové brzdy. Evropský parlament o této dohodě formálně hlasoval dne 27/02/2024, dohodu přijal poměrem hlasů 329 pro, 275 proti, 24 europoslanců se zdrželo. Dohoda obnovuje článek 9 (článek 11) a zachovává jeho strukturu, přechází z přístupu založeného na výsledcích na přístup založený na úsilí. S ohledem na diskusi o potravinovém zabezpečení došlo k posílení důrazu na potravinové zabezpečení v článku 1 nařízení. V souvislosti s financováním je rovněž uvedeno, že provádění tohoto nařízení neznamená nutnost přeprogramování SZP, rybářské politiky nebo jiných nástrojů financování zemědělství. Členské státy musí nyní zohlednit změnu klimatu, sociální a hospodářské potřeby venkovských oblastí a potřebu zajistit udržitelnou zemědělskou produkci v Unii, musí si vybrat 2 ze 3 ukazatelů obnovy (index motýlů, zásoba organického uhlíku, podíl zemědělské půdy s vysokou topografickou rozmanitostí), a zavedou opatření, jejichž cílem je obnova zemědělsky využívaných organických půd – odvodněných rašelinišť. Konečné cíle pro obnovu rašelinišť jsou následující: 30 % těchto ploch musí být obnoveno do roku 2030, z nichž nejméně čtvrtina bude znovu zavlažována; 40 % pak musí být obnoveno do roku 2040 a 50 % do roku 2050. Povinnost členských států dosáhnout výše uvedených cílů zavlažování by nemělo znamenat povinnost zemědělců a soukromých vlastníků půdy zavlažovat své pozemky, pro ně zůstává zavlažování zemědělské půdy dobrovolné. V případě, že dojde k nepředvídatelné, výjimečné a nezaviněné události, kterou EU nemůže ovlivnit a která má závažné důsledky pro celou EU, pokud jde o dostupnost půdy potřebné k zajištění dostatečné zemědělské produkce pro spotřebu potravin v EU, přijme Komise prováděcí akty, které jsou v případě nouze nezbytné a odůvodněné – takzvanou nouzovou brzdu. Tyto prováděcí akty mohou dočasně pozastavit uplatňování příslušných ustanovení článku 9 (11, Cíle pro zemědělské ekosystémy) tohoto nařízení v nezbytně nutném rozsahu a na nezbytně nutnou dobu.
Členské státy dlouho nebyly schopny nalézt dostatečnou podporu ke schválení dohody k Cílům obnovy přírody. Mezi nejčastější kritiky Cílů obnovy patří vysoká finanční nákladnost na implementaci nových pravidel (roční nákladnost v ČR je odhadována ve výši více než 40 milionů EUR, u SK dokonce téměř 100 milionů EUR), aniž by byl na implementaci alokován jakýkoli rozpočet z EU. Problematický by podle největší evropské zemědělské organizace Copa – Cogeca mohl být i princip nezhoršování stavu, který zemědělské obci přináší značnou právní nejistotu, zda budou moci zemědělci nadále využívat některé zemědělské stroje nebo postupy.
Členské státy nakonec dosáhly dohody dne 17/06/2024, a to jen velmi těsnou většinou – aby bylo hlasování úspěšné, je potřeba, aby návrh podpořilo alespoň 55 % zemí zastupujících nejméně 65 % evropské populace. Podmínka počtu zemí byla splněna pohodlně, pro podporu návrhu se vyjádřilo 20 členských států EU (včetně České republiky a Slovenska), ale podmínka zastoupení nejméně 65 % evropské populace byla splněna jen velmi těsně – dvacet zemí podporujících Cíle obnovy přírody představovalo 66,07 % evropské populace. Proti hlasovala Itálie, Nizozemí, Maďarsko, Polsko, Finsko a Švédsko. Kdyby se k těmto zemím přidala už jen jedna další země, byl by návrh odmítnut.
V Rakousku, jehož ministryně životního prostředí návrh podpořila, v reakci na hlasování dochází k vládní krizi. Ministryně životního prostředí nerespektovala doporučení vlády ani stanovisko ministerstva zemědělství, podle kterých měl být návrh odmítnut. Rakousko oznámilo, že na ministryni pro životní prostředí podá žalobu k Evropskému soudnímu dvoru s podezřením na „zneužití úřední moci“. Po hlasování Rady EU odstoupil také irský ministr životního prostředí. Slovensko, které původně patřilo mezi země odmítající návrh Cílů obnovy přírody, nakonec v rámci červnového hlasování návrh podpořilo. Evropská média ale přišla s informací, že za změnou názoru na Slovensku stála dohoda mezi evropským komisařem pro životní prostředí Sinkevičiusem a slovenským premiérem Tomášem Tarabou týkající se odstřelu medvědů na Slovensku. Podle vyjádření Taraby byla podpora Cílům obnovy přírody ze strany Slovenska zajištěna jen díky narychlo zajištěnému nezávaznému právnímu stanovisku Komise, z něhož vyplývá, že Komise nevidí žádný bezprostřední rozpor s novým slovenským zákonem povolujícím odstřel medvědů, kteří se přiblížili lidským obydlím.
Nařízení bude nyní zveřejněno v Úředním věstníku EU a vstoupí v platnost. Stane se přímo použitelným ve všech členských státech. Do roku 2033 Komise přezkoumá uplatňování nařízení a jeho dopady na odvětví zemědělství, rybolovu a lesnictví, jakož i jeho širší socioekonomické dopady. Členské státy budou muset předložit návrhy národních plánů obnovy, a to do 24 měsíců po vstupu zákona v platnost. Posouzení návrhů plánů provede Komise do 6 měsíců od obdržení návrhů. Přezkum a revize plánů se uskuteční do července 2032 a července 2042 a poté každých 10 let. Každé tři roky by pak měly být podávány zprávy o všech ekosystémech. Do 12 měsíců od implementace pravidel Komise předloží Radě a Parlamentu zprávu o finančních zdrojích, které jsou pro provádění k dispozici na úrovni EU. Přezkum a hodnocení skutečného provádění tohoto nařízení se uskuteční do 31/12/2033.