Evropská komise představila v první polovině října 2025 návrh ochranných mechanismů pro zemědělce, které mají zabránit negativním dopadům levného dovozu potravin z Mercosuru po vstupu obchodní dohody v platnost (viz Evropské zpravodajství z 12/10/2025). Opatření vycházejí přímo z vyjednaných ustanovení dohody a umožňují dočasně znovu zavést cla u citlivých komodit, jako je hovězí, drůbeží maso, cukr nebo etanol, pokud dovoz výrazně vzroste nebo povede k poklesu cen na trhu EU. Komise navrhla možnost zásahu do 21 dnů v naléhavých případech a půlroční monitorování trhu. Rada ministrů tato opatření dne 19/11/2025 podpořila a schválila jejich převedení do unijního práva bez úprav. Nařízení stanoví, jakým způsobem bude EU moci dočasně omezit dovoz, pokud ohrozí unijní producenty, a jasně vymezuje podmínky i postupy pro zahájení vyšetřování. Schválení v Radě však neznamená dokončení legislativního procesu — návrh musí ještě projít Evropským parlamentem, zde ale došlo k výraznému politickému střetu. Frakce Evropské lidové strany EPP se pokusila prosadit zrychlený postup a předložit opatření k hlasování již na listopadovém plenárním zasedání. Většina politických skupin (včetně frakcí, které s EPP obvykle hlasují společně) však návrh odmítla a trvala na tom, že věc musí nejprve projednat příslušný výbor, kde je hlasování naplánováno až na prosinec. EPP tak v debatě zůstala izolovaná. Současně se rozhořela samostatná sporná debata o pokusu několika skupin požádat Soudní dvůr EU o posouzení souladu dohody s unijním právem. Předsedkyně Evropského parlamentu Roberta Metsola rozhodla, že o takové žádosti není možné hlasovat (tedy hlasování odmítla), dokud Rada formálně nepožádá Parlament o souhlas s dohodou – tedy dokud nedojde k ratifikaci. Někteří europoslanci její krok kritizují jako politický zásah, jiní upozorňují, že Parlament nechce posuzovat dokument, který není vyhodnocen z právního hlediska.
Brazilský velvyslanec při EU Pedro Miguel da Costa e Silva se ostře ohradil proti kritice obchodní dohody EU–Mercosur a označil obavy z dopadu levnějších dovozů na evropské zemědělce za zkreslené a založené na nepravdivých informacích. Zdůraznil, že státy Mercosuru jsou dlouhodobě významnými dodavateli potravin do EU a že jejich produkty splňují unijní požadavky, jinak by na trh vůbec nemohly vstoupit. Upozornil také, že producenti v Mercosuru dostávají výrazně méně zemědělských podpor než zemědělci v EU, takže tvrzení o nerovných podmínkách považuje za neodůvodněná. Podle jeho vyjádření dohoda neomezuje pravomoci EU zavádět další opatření na ochranu zdraví či životního prostředí a chrání citlivé sektory prostřednictvím kvót a nově posílených ochranných mechanismů. Zároveň uvedl, že dohoda vytváří příležitosti i pro evropské producenty a že Mercosur učinil významné ústupky v oblastech, které jsou pro něj citlivé, například u vína a mléčných výrobků.
Předsedkyně Evropské komise Ursula von der Leyen realizuje cestu do Brazílie k dalšímu postupu dne 20/12/2025.